En la Clase E, la climatización automática THERMATIC de serie, dotada de filtro combinado y conmutación a aire interior circulante, regula la temperatura programada en el lado del conductor y en el del acompañante de forma independiente.

Opcionalmente está disponible el climatizador automático de confort THERMOTRONIC (también con filtro combinado y conmutación a aire interior circulante), que divide el habitáculo de la Clase E en cuatro zonas climáticas independientes. Para ello, un procesador evalúa los datos recogidos por los sensores, como por ejemplo la intensidad de la radiación solar sobre el vehículo. Para cada una de las cuatro plazas, un sensor solar de cuatro cuadrantes regula el caudal y la temperatura del aire en función del ángulo de incidencia del sol. Un sensor múltiple controla la humedad y la calidad del aire exterior y, en caso necesario, pasa al modo de recirculación del aire interior.